Publikacja zawiera 2694 hasła ułożone alfabetycznie, w których przedstawiono: wiadomości o budowie i funkcji organizmów oraz procesach w nich zachodzących; hipotezy dotyczące powstania życia na Ziemi, podstawy ewolucji i antropogenezy; zależności istniejące w przyrodzie oraz określenie miejsca zajmowanego w niej przez człowieka; bieżącą ocenę stanu środowiska naturalnego i zagrożeń wynikających z niewłaściwej gospodarki dobrami naturalnymi; zasady ochrony przyrody; definicje pojęć i problemów biologicznych oraz najnowsze informacje z zakresu genetyki, biologii molekularnej, biochemii i mikrobiologii; sylwetki najwybitniejszych biologów (w tym biogramy wszystkich laureatów Nagrody Nobla w dziedzinie fizjologii i medycyny). W encyklopedii zastosowano podział organizmów na pięć królestw: Monera, Protoctista, grzyby (Fungi), rośliny (Plantae) i zwierzęta (Animalia) oraz podano ich pełną systematykę - jako jedyna encyklopedia w Polsce podaje najnowszą systematykę bakterii. Przy opisie większości znanych gatunków roślin i zwierząt, ważnych ze względów naukowych bądź gospodarczych, stosowano nazwy zwyczajowe i naukowe. Książka jest bogato ilustrowana, zawiera rysunki poglądowe, fotografie (np. unikalne fotografie mikroorganizmów i organelli komórkowych) oraz liczne tabele zbiorcze.W indeksie podano polskie i łacińskie nazwy opisywanych gatunków.

Trzecie wydanie Encyklopedii zawiera około 1000 haseł z geometrii, algebry, arytmetyki, logiki, analizy matematycznej, teorii mnogości, rachunku prawdopodobieństwa, statystyki i teoretycznych podstaw informatyki. Zamieszczono również noty biograficzne ze szczególnym uwzględnienim polskich matematyków.